Mikotoksyny są wtórnymi metabolitami niektórych grzybów pleśniowych głównie: Aspergillus, Penicilium, Fusarium
i Alternaria. Mogą występować w prawie wszystkich produktach spożywanych przez ludzi i zwierzęta. Są to toksyny odporne na procesy technologiczne (np. gotowanie, smażenie, pieczenie, destylację, fermentację) i najczęściej występują w produktach pochodzenia roślinnego, tj. zboża, przetwory zbożowe, warzywa, orzechy. Na rozwój pleśni
i wytwarzanych przez nie mikotoksyn wpływa temperatura i wilgotność powietrza, zawartość wody w surowcu, a także stopień dojrzałości roślin. Poza dużym ryzykiem zagrożenia zdrowia, mikotoksyny mogą powodować poważne straty ekonomiczne. Sytuacja taka może być wynikiem niekorzystnych warunków pogodowych w okresie wegetacji lub zbioru,
a także nieprawidłowego przechowywania produktów. Trzeba przy tym również uwzględnić, że przy zmieniających się warunkach środowiskowych jeden gatunek grzyba pleśniowego może wytwarzać wiele mikotoksyn. Według szacunków FAO mikotoksyny mogą zanieczyszczać do 25 % światowej produkcji żywności, a całkowite ich wyeliminowanie jest celem w zasadzie nieosiągalnym. Aktualnie znanych jest ponad 400 mikotoksyn, z których około 20 stanowi poważne zagrożenie zbiorów będących źródłem pożywienia dla ludzi i zwierząt. W żywności i paszach najczęściej oznaczanymi mikotoksynami są:
- aflatoksyny B1, B2, G1, G2 (aflatoksyna M1, głównie w mleku i przetworach),
- ochratoksyna A,
- trichoteceny (m.in. deoksyniwalenol, T2, HT-2),
- fumonizyny B1, B2,
- zearalenon,
- patulina,
- alkaloidy sporyszu.
Ich wytwarzanie może zachodzić na różnych etapach produkcji żywności, od wegetacji roślin, poprzez zbiory, do magazynowania zbiorów, czy nawet produktu finalnego. W okresie wegetacji roślin źródłem mikotoksyn są szczepy fitopatogenne grzybów np. z rodzaju Fusarium, natomiast na etapie magazynowania dominują grzyby saprofityczne, przede wszystkim z rodzaju Aspergillus i Penicilium, których aktywność mikotoksyczna zależna jest od nieprawidłowych warunków przechowywania, w efekcie czego wytwarzane mogą być aflatoksyny, ochratoksyna A czy cytrynina (tzw. mikotoksyny magazynowe).
W Rozporządzeniu Komisji (WE) nr 1881/2006 z dnia 19 grudnia 2006 r. ustalającym najwyższe dopuszczalne poziomy niektórych zanieczyszczeń w środkach spożywczych, ze zmianami, ustanowione zostały najwyższe dopuszczalne poziomy mikotoksyn, stanowiących potencjalne zagrożenie dla zdrowia i życia człowieka. Oprócz najczęściej oznaczanych, podanych powyżej, określono najwyższe dopuszczalne poziomy dodatkowo dla cytryniny.
Badanie zawartości mikotoksyn w żywności i paszach znalazło się w polu szczególnego zainteresowania laboratorium J.S. Hamilton Poland już w latach 60-tych XX wieku, zaraz po pierwszych doniesieniach na temat zagrożenia w Anglii, gdzie odnotowano masowe epidemie drobiu („turkey X disease”) spowodowane zapleśniałą paszą. Na przestrzeni kilku lat Laboratorium opracowało metodę oznaczania aflatoksyn za pomocą wysokosprawnej chromatografii cieczowej.
W miarę rozwoju technik chromatograficznych laboratorium J.S. Hamilton Poland zwalidowało i akredytowało metody analizy mikotoksyn będących przedmiotem monitoringu, stosując różne techniki chromatograficzne:
- wysokosprawna chromatografia cieczowa z detekcją fluorymetryczną (HPLC-FLD),
- chromatografia cieczowa sprzężona z tandemową spektrometrią mas (LC‑MS/MS).
Laboratorium wykonuje również badania surowców zielarskich opracowane w oparciu o wymagania Farmakopei Europejskiej w zakresie oznaczania aflatoksyn B1, B2, G1 i G2 i ochratoksyny A.